正義英雄忍者龜團隊們這次將面臨前所未有的險惡威脅！紐約市發生了一連串不可思議的事件，瞬息移動的陰影劃過市區 ，天上的星星竟以直線排列，而竄起的怪物正在四處破壞，危害市民的安全，造成紐約市的超級大動亂…

神秘的富商企業家麥克斯溫特斯是否涉入了這個龐大的陰謀呢? 紐約市更加需要忍者龜正義團隊們的幫助了！每個人在期待忍者龜的出現，但是他們在哪兒呢？此時，隊長李奧納多因獨自去接受特別訓練而與其他弟兄暫時別離，但他的兄弟們米開朗基羅、多納太羅和拉斐爾卻因此變得失落又失去方向…

當城市與家庭同時陷入危機，便是李奧納多和老鼠師父史林特重整忍者龜們的團結及忍者術的時候，一種忍者龜們才能擁有的能力。忍者龜們能不能即時重聚並鍛鍊成最堅強的團隊去打敗具有超能力的惡勢力呢？

忍者龜堅強團隊：

小隊長─李奧納多（武器：武士刀）

平日優良的表現讓隊長李奧納多，獲得老鼠師父史林特的認可並授與一個古老獎章。目前和其他忍者龜弟兄們暫時分別，獨自離開紐約市前往南美洲執行特殊任務，並繼續更高深的訓練…但他卻不知道現在的紐約市即將面臨前所未有的險惡威脅！

上等兵─多納太羅（武器：長棍）

不管現在紐約市有多混亂，聰明卻性情溫和的多納太羅卻是渾然不知！因為和其他弟兄的聚少離多，除了平日跟米開朗基羅四處打打零工的時間之外，多納太羅終日寄情於他的科學研究…唯有在研究過程中才能讓他更專心一致。但他也漸漸的失去身為一個忍者的絕對要件：決心和勇氣。多納太羅能及時找回身為忍者的決心和勇氣並且重新加入忍者龜堅強團隊嗎？

一等兵─拉斐爾（武器：雙叉刀）

李奧那多離開紐約市的那段時間裡，忍者龜團隊之間的友情也遭受到嚴重的考驗…拉斐爾對於總是想當老大的李奧納多以及其他弟兄們的整天遊手好閒感到相當不滿，因此時常脫離團隊擅自行動。此時，紐約市夜晚出現了一個神秘的「夜行俠」，他總在犯罪事件發生時出現逮捕罪犯，但神秘主持正義的行為卻不合法，這是否和拉斐爾有關？

二等兵─米開朗基羅（武器：雙截棍）

由於隊長李奧納多的暫時別離和拉斐爾的時常脫隊，讓平常身為弟兄們開心果的米開朗基羅也變的意志消沉和生活失去方向，即使讓他整天沉溺在最愛的極限運動和電視遊樂器也不能讓他開心。因此，米開朗基羅開始和多納太羅一起去打零工，他們倆的工作就是每當有家庭要為小朋友開慶生舞會的時候裝扮成忍者龜布偶逗取小朋友們開心…。米開朗基羅能重拾往日的英雄氣概並且團結其他弟兄及時拯救紐約市的危機嗎？