由杜勳頓所帶領的海盜集團，在海中取得有「蒼海的王子」之稱的瑪納霏的蛋，企圖用以不法之事。但隨即被從中臥底的神奇寶貝保育家傑克·渥卡所奪走。

之後，小智等人在旅途中因缺乏水源，而與一群為「水之民」後代的馬戲團家族結識。當晚小遙夢見一座神殿。後經廣美的解說，眾人方知他們正在替傑克保管瑪納霏的蛋，而那神殿正是牠的故鄉，名為亞克夏。

隨後，杜勳頓等人聞訊前來想把蛋搶回。在混亂之中，瑪納霏在小遙手中孵化了。大家便決定將牠送回神殿；而杜勳頓為了得到隱藏在神殿內的寶物「海之王冠」，極需要瑪納霏來替自己找出神殿的正確位置，便在後跟蹤。一場驚險的行動就此展開....